Per giustificare il "suicidio", il questore di Milano afferma nella conferenza stampa tenuta quella notte stessa che il gesto compiuto da Giuseppe Pinelli equivale a una "autoaccusa". Infatti gli anarchici sono colpevoli degli attentati, Pinelli e’ un’anarchico e quindi per sillogismo e’ colpevole anche lui. Molto prima del questore Marcello Guida la stessa certezza era stata espressa dal commissario Luigi Calabresi il quale, a poche ore dalla strage, ha dichiarato che essa e’ "opera degli anarchici". Idem un magistrato, il capo dell’ufficio istruzione Antonio Amati: in piazza Fontana non erano ancora arrivate le prime ambulanze ed egli consigliava gia alla polizia di "iniziare subito le ricerche negli abienti aanarchici".
Cosi’ la polizia, cosi’ la magistratura. Ma sarebbe piu’ esatto dire cosi’ una una polizia, cosi’ una magistratura. Infatti se mai ha avuto un senso parlare di polizia e magistratura parallele, qui ci sono alcuni esempi.
Il procuratore dela Repubblica di Milano, Ugo Paolillo, cui spetterebbe di condurre l’inchiesta perche’ e’ il procuratore di turno nel pomeriggio del 12 dicembre, non sembra d’accordo con la tesi degli "attentati di sinistra".
Sin dale prime ore l’onesto magistrato protesta duramente contro la polizia che procede alle retate negli ambienti aanarchici e della sinistra extraparlamentare. ammonendo che, qualora non fossero state rispettate le regole le regole formali dei fermi (quello di Pinelli e’ un esempio macroscopico di violazione; viene trattenuto per tre giorni e tre notti in questura senza che il suo fermo venga notificato al Palazzo di Giustizia), egli avrebbe sconfessato il comportamento della polizia, (Un altro esempio clamoroso di questa frattura che inizialmente esiste tra la questura e certi magistrati, e’ quello dell’anarchico Leonardo Claps che. arrestato dalla polizia, viene rimesso in liberta per ordine del Procuratore della Repubblica, arrestato di nuovo e’ di nuovo scarcerato; e cosi’ via).
Quando ancora l’inchiesta e’ affidata alla Magistratura milanese e al Procuratore Ugo Paolillo in particolare, da Roma giunge il Pubblico Ministero Vittorio Occorsio che "per ordini superiori" e scavalcando di fatto Paolillo, procede ad alcuni interrogatori degli anarchici rinchiusi a San Vittore. Al Magistrato milanese frattanto i superiori hanno affiancato un nuovo verbalizzatore, che ha ricevuto l’ordine di essere sempre presente agli interrogatori.
Verso la fine di dicembre l’inchiesta viene trasferita da Milano a Roma, in sede piu’ vicina al potere centrale. Ugo Paolillo ritiene pero’ doveroso continuare le indagini che ha iniziato e che lo hanno portato a battere piste decisamente di destra, e in particolare quella che dimostra come almeno un provocatore si sia infiltrato negli ambianti aanarchici milanesi per svolgere lo stesso ruolo di Mario Merlino nel circolo 22 Marzo.
Due sottufficiali dei carabinieri, forse del SID, aiutano il procuratore nel suo lavoro. Sino a quando, improvvisamente, uno dei due va in pensione, l’altro trasferito a La Spezia. Da quel momento su Ugo Paolillo, magistrato che non crede alle versioni precostutituite, cala il sipario.
La stessa cosa succede all’interno della polizia. Di fianco, parallelamente al commissario Luigi Calabresi che punta diritto alla colpevolezza degli anarchici, vi e’ il dirigente dell’ufficio politico Antonino Allegra che sembra avere qualche dubbio. Ai fermati delle prime ore egli chiede insistentemente notizie di U.R che risulta collegato ai fascisti del MAR della Valtellina, e di Antonio Sottosanti, detto Nino il fascista.
Sottosanti e’ un ex legionario, ex segretario della sezione milanese della pacciardiana Nuova Repubblica, molto legato a tutte le organizzazioni dell’ estrema destra extraparlamentare. Nell’ultimo anno egli era riuscito ed ifiltrarsi tra gli anarchici milanesi del Ponte della ghisolfa ed era entrato in contatto anche con Giuseppe Pinelli che gli consegnava soldi della "Croce nera" da recapitare in carcere a Tito Pulsinelli, anarchico e amico personale del Sottosanti. Contemporaneamente pero’ manteneva i contatti con i fascisti e avvicinava ex partigiani proponendo incontri con Pacciardi.
Ai primi di gennaio Allegra sta ancora battendo questa pista e il giorno 11 parte da Milano in gran segreto per andar a interrogare Nino il fascista in Sicilia, dove si e’ trasferito all’indomani della strage.
L’interrogatorio si svolge nella Questura di Enna ma a fare domande non e’ solo Allegra: con lui e’ arrivato da Milano anche il brigadiere vito Panessa, uno dei fedelissimi di Luigi Calabresi, che ha partecipato all’ultimo interrogatorio di Giuuseppe Pinelli. In quella stanza della questura di Enna, la situazione e’ paradossale, se non altro da un punto di vista gerarchico: a verbalizzare c’e’ un maresciallo, a porre le domande il capo dell’ufficio politico milanese, ma chi di fatto gestisce l’interrogatorio, scavalcando continuamente Allegra, e’ il brigadiere Vito Panessa.